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Während seiner Flucht, war Groppers Gegner Johann Gebhard von Mansfeld allerdings nicht untätig geblieben, musste er doch befürchten, dass dem Versuch Groppers, seine Bestätigung an der Kurie zu hintertreiben, Erfolg beschienen sein könnte. So hatte Mansfeld seine römischen Agenten beauftragt, selber gegen Gropper vorzugehen, zumal auch Gropper nicht mehr auf alle seine römischen Freunde zählen konnte, da mit Kardinal Giovanni Morone, seinem Freund, eine der wichtigsten Stützen der Reform in Rom wegen angeblicher Häresie schon seit über einem Jahr in der Engelsburg inhaftiert war. Dennoch erreichte Gropper zunächst, dass der erwählte Erzbischof die päpstliche Konfirmation nicht erhielt. Am 21. Oktober 1558 überreichte Gropper dem Papst sein Gutachten zur Kaiserwahl Ferdinands I. Dieser war bereits am 5. Januar 1531 in Köln von den Kurfürsten auf Drängen Kaiser Karls V., seines Bruders, zum deutschen König gewählt worden. Ferdinand hatte seitdem seinen Bruder im Reich oftmals vertreten. Nach der Abdankung seines Bruders im Jahre 1556 hatte Ferdinand nach bloßer Proklamation seitens der Kurfürsten, die Kaiserkrone ergriffen, ohne dass es zu einer erneuten Wahl gekommen wäre, worin der Papst einen offenen Rechtsbruch sah. Gropper schlug in seinem Gutachten vor, der Kaiser möge ein zurückdatiertes Schreiben an den heiligen Stuhl mit der Bitte um Anerkennung seiner Wahl schicken, was Rom ihm darauf als einmalige Gnade gewähren sollte.
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