Sein ältester Bruder Johanne Gropper stellte ihm für Herzog Wilhelm V., dem Reichen, von Jülich-Kleve-Berg, Empfehlungen aus. Daraufhin wurde Gottfried Gropper am 31. Mai 1542 zum Geheimrat ernannt. Nach der Ernennung des Diözesanadministrators Adolph von Schaumburg 1547 zum Erzbischof von Köln, gab es in den herzoglichen Territorien hinsichtlich der Erhebung des Subsidium Caritativum, den Abgaben zur Bestätigung der Bischofswahl an der römischen Kurie, einigen Unmut seitens der Landdechanten, die sich weigerten die Abgabe zu zahlen. Herzgog Wilhelm V. von Jülich-Kleve-Berg und sein Vizekanzler von Vlatten, baten Gropper um eine Einschätzung und beauftragten ihn, bei der Kölner Kurie für einen Verhandlungstermin in Neuss für den 26. Juli 1548 nachzusuchen. Die so genannten Neusser Verhandlungen von 1548 fanden daraufhin zwischen den kurkölnischen und herzoglichen Räten vom 27. bis 28. Juli in Neuss statt. Neben den beiden herzoglichen Kanzlern Oligschläger und Gogreve, war auch ein weiterer Bruder Groppers, Kaspar Gropper, beteiligt. 1549 erreichte Gottfried Gropper in einem seit 1536 anhängigen Rechtstreit zwischen dem Herzog und der Äbtissin von St. Cäcilia zu Köln bezüglich der Kollation des Pfarre in Stommeln einen Ausgleich, der jedoch schon bald darauf seitens des Herzog gebrochen wurde, da der Herzog seinen eigenen Kandidaten dort mit Gewalt einsetzte.
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