Nachdem Canisius am 4. Oktober 1549 die Doktorwürde des theologischen Fakultät von Bologna erhalten hatte, begab er sich, dem unablässigen Drängen seitens des bayrischen Herzogs Wilhelm IV. nachgebend, nach Ingolstadt. Vor seiner Abreise aus Rom, hatte Paul III. ihm noch persönlich seinen Segen erteilt. In seinem Gepäck hatte er die Instruktionen des Ordensgenerals. In Ingolstadt war Canisius zunächst als Theologieprofessor tätig, bevor er bereits 1550 zum Rektor der Universität ernannt und 1551 sogar zu deren Vizekanzler gewählt wurde. Dann ging Peter Canisius nach Wien, wo er zwischen 1552 und 1554 Professor und Hofkaplan war. Daneben bekleidete Canisius dort auch das Amt des Dompredigers. In den Jahren 1554/1555 leitete Canisius als Diözesanadministrator zudem die Verwaltung des Bistums Wien. 1556 begab sich Canisius für einen kurzen Aufenthalt nach Prag. Von 1559 bis 1569 war Peter Canisius dann der erste Provinzial der neu errichteten oberdeutschen Provinz seines Ordens. Neben diesem Amt, übte er von 1559 bis 1566 auch noch die Funktion eines Domprediger in Augsburg aus und nahm 1556/1557 sowie 1576 an den Reichstagen von Regensburg, sowie 1559 und 1566 ebenfalls an jenen in Augsburg teil. 1558, war Canisius als Teilnehmer am polnischen Reichstag in Poitrkow zugegen. Neben diesen politischen Aufgaben, nahm er im Jahre 1562 an der letzten Sitzungsperiode des Trienter Konzils teil.
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