In den Auseinandersetzungen um eine Kirchen- und Rechtsreform am Niederrhein, zwischen dem Herzog und dem Kölner Erzbischof waren es Die drei Xantener Kanoniker Heresbach, Vlatten für den Herzog und Gropper, den Erzbischof, die Verhandlungen führten.

Schon als Propst, am Marienstift in Aachen, konnte Johann von Vlatten auf die Mitarbeit seines jüngeren Bruders Werner von Vlatten als Scholaster nicht verzichten. Bereits ein halbes Jahr später übernahm Werner auch in Xanten das Amt des Scholasters. Unter ihm wurde in den Jahren 1537 - 1540 der Neubau der Stiftschule ausgeführt. Neben der Leitung der Stiftsschule, oblag dem Scholaster ein Reihe weiterer Aufgaben, so war er der Sprecher des Kapitels gegenüber Propst und Dechant. Er führte die Korrespondenz und das Archiv des Stiftes . Darüber hinaus verwahrte er in seiner Eigenschaft als Archivar das kleine Geschäftssiegel, mit dem im gewöhnlichen Briefverkehr gesiegelt wurde.

Am 3. Februar 1543 wurde Johannes Gropper durch das Stiftskapitel auf Vorschlag des Herzogs zum Dechanten gewählt. Er folgte damit Arnold Goldwert, der dieses Amt seit 1520 innehatte. Seit Ende des 13. Jahrhunderts, waren die Dechanten in der Verwaltung des Stifts an die Stelle der Pröpste getreten. Da letztere oftmals nicht in Xanten residierten. Papst Leo X. hatte das Stift das Wahlprivilieg für die Dechantei zugestanden. Der Dechant war das geistliche Haupt des Stiftes. Er stand dem Stiftskapitel vor, hatte Disziplinargewalt gegenüber den Stiftsangehörigen inne und er repräsentierte das Stift nach außen; Urkunden und Briefe des Stiftes beginnen mit seinem Namen. In dieser Zeit wurde auch der Kreuzgang zu seiner heutigen Form umgestaltet. So befinden sich dort nur noch wenige ältere Epitaphe.