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Nach der Niederlage, sah sich Martin Bucer gezwungen wieder nach Straßburg zurückzukehren, wo er 1544 zum Dechanten des Thomasstifts, dem er seit dem Tode Capitos als Kanoniker angehört hatte, gewählt wurde. Später sollte Bucer in Folge seiner Weigerung, das Augsburger Interim anzuerkennen, auch aus Straßburg geflohen sein. Dieses Mal suchte er Zuflucht in England, wohin ihn Thomas Canmer, der Erzbischof von Canterbury, dessen ebenso umsichtigen wie vorsichtigen Reformkurs er nun gegen die von englischen Zwinglaner John Hooper erhobenen Vorwürfe ebenso wie gegen die Angriffe seitens des schottischen Reformators John Knox vereidigte, bereits früher eingeladen hatte. Schließlich sollte Martin Bucer 1522 einen wesentlichen Beitrag bei der im Auftrag des englischen Königs Eduard II. erfolgten Erarbeitung der zweiten überarbeiteten Auflage des allgemeinen Gebetbuches der englischen Kirche, dem Second Book of Common Prayer, geleistet haben, indem er noch einen Monat vor dem Tod des Königs, in einem kritischen Gutachten, der sogenannten „Censura“, nachteilige Einflüsse von Seiten Luthers innerhalb der ersten Auflage aufzeigte und seine Kritik tatsächlich weite Berücksichtigung fand. War auch sein gemäßigter Reformversuch in Köln erfolglos, so sollten seine Ideen und vor allem sein Kirchenverständnis die anglikanische Kirche geprägt haben. In seinen letzten Lebensjahren lehrte Bucer als Professor an der Universität Cambridge. Unter Maria I. wurden seine sterblichen Überreste exhumiert und posthum auf dem Scheiterhaufen verbrannt.
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