Werner von Vlatten entstammte der Jülicher Erbschenckenfamilie von Vlatten, einer Nebenlinie der Dynasten von Merode, die seit jeher den Jülicher Grafen und Herzögen verpflichtet waren. Seine Eltern waren der Jülicher Erbschenck und Amtmann zu Düren, Konrad von Vlatten, Herr zu Froitzheim, Kuhpesch, Bombey, Eynatten, Soller sowie Herr zu Obermaubach und Anna von Velbrück. Vier Werners fünf Schwestern waren Nonnen geworden, von denen Elisabeth von Vlatten Äbtissin zu Hoven bei Zülpich und Gertrud von Vlatten Priorin zu Wenau waren. Er war einer von vier Brüdern, deren herausragendste Gestalt sein älterer Bruder Johann von Vlatten, zudem ih ein inniges Verhältnis verband, war. Werner von Vlatten war mehr als seine Brüder an Wissenschaft und Literatur interessiert. So verwundert es nicht, ihn später als Scholaster in Xanten und Aachen zu sehen. Über den jungen Werner von Vlatten sind wir durch einen Brief an Erasmus von Rotterdam unterrichtet:
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