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Nach der Abdankung Kaiser Karls V. im Jahre 1555, ersuchte auch Aytta um seine Entlassung, um sich in den Ruhestand zurückziehen zu können, blieb jedoch auf die inständig drängende Bitte Philipps II., der Aytta zum Koadjutor des Abts von St. Bavo in Gent mit Recht auf Nachfolge ernannte, hin weiter in seinen Diensten. 1559 nach dem Regierungsantritt Margarete von Parmas als Regentin der Niederland wurde Aytta nunmehr ebenfalls Mitglied ihres Staatsrats, dessen Präsidentschaft er später übernahm, obwohl er der neuen Statthalterin gegenüber kritisch eingestellt, er immer wieder an einen Rückzug aus seinen öffentlichen Ämtern erwog. Nachdem schließlich seiner humanistisch gemäßigten Haltung wegen gar seine Rechtgläubigkeit angezweifelt wurde und er sich darüber hinaus wegen seiner gemäßigten und überaus pragmatischen Einstellung der von Wilhelm von Oranien geführten protestantischen Opposition gegenüber des Hochverrats bezichtigt sah, kam es zum endgültigen Bruch mit Margaretes Nachfolger dem Herzog von Albe, der ihr 1567 gefolgt war und den Aytta zunächst sogar politisch unterstützt hatte, dessen blindwütige militärische Gewalt er jedoch mitnichten gutheißen konnte. Krank und der politischen Entwicklung in den Niederlanden zutiefts gramgebeugt, konnte auch Albas Abberufung und die Ernennung des gemäßigten Don Luis de Requesens, der nunmehr versuchen sollte die verfahrene Situation zu retten, seinen Mut in die Zukunft nicht mehr zurückbringen. Tatsächlich schaffte es der Statthalter nicht mehr die Situation zu retten. Der Krieg war voll entbrannt. Immer wieder kam es zu Meutereien im spanischen Heer, dessen Unterhalt durch den spanischen Staat schließlich nicht mehr aufgebracht werden konnte, so dass Philipp II. 1575 den Staatsbankrott erklären musste, worauf es zu einer neuerlichen Meuterei kam, infolge dessen die Regierung jegliche Kontrolle über das spanische Heer verlor. Im Laufe des antispanischen Aufstandes am 14. September 1576 wurde Aytta mit dem gesamten Staatsrat, der nach dem Tode Requesens im März 1576 die Regierungsgeschäfte kommissarisch bis zur Ankunft des neuen Statthalter geführt hatte, gefangen gesetzt. Obwohl sofort nachdem Don Juan de Austria als neuer Statthalter im November 1576 die Regierungsgeschäfte übernommen hatte befreit, erholte sich Aytta nicht mehr und starb am 5. Mai 1577. Er wurde in St. Bavo in Gent beigesetzt.
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