So überreichte Adolf von Schaumburg zusammen mit Gropper dem Rat der Stadt Köln die von Gropper verfassten Reformstatuten für das Erzbistum Köln. Auch im Kampf des Kölner Klerus gegen den protestantisch orientierten Erzbischofs Hermann von Wied unter Führung Groppers stand Adolf von Schaumburg auf dessen Seite. Als einer der wenigen Edeldomherren stand er fest zum katholischen Glauben. Nach seiner Wahl hielt er sich im wesentlichen an die von Johannes Gropper für den nächsten Erzbischof verfasste Wahlkapitulation. Schon vor der formellen Wahl hatte Gropper für die Kurie seine Einschätzung über die Rechtgläubigkeit des Koadjutors ausgearbeitet. Zwischen Schaumburg und Johannes Gropper bestand ein enges Vertrauensverhältnis. Auch wenn Gropper später nach seiner Ernennung zum Porpst am Bonner St. Cassius- und Florentiusstift nicht mehr im Hofdienst bei Adolf von Schaumburg stand, blieb die Verbindung erhalten, da sein Bruder Kaspar Gropper, nach seinem Ausscheiden aus dem klevischen Hofdienst, seit 1550 Offizial am Gericht des Erzbischofs war. Johannes Gropper selbst war in dieser Zeit administrativ mit der Reorganisation des Bonner Archidiakonats beschäftigt. Dennoch bestimmte Gropper weiterhin maßgeblich die Religionspolitik im Erzstift Köln, was sich unter anderem daran zeigt, dass Gropper letztlich die Kardinalswürde erhielt, die eigentlich dem zugestanden hätte, weil in Rom um Groppers Einsatz und Bedeutung für die katholische Kirche wusste. Auf dem Konzil in Trient interessierte die anwesenden Prälaten mehr, wer den Kölner Erzbischof als Berater begleiten würde, als die Ankunft Adolf von Schaumburgs, zumal Johannes Gropper sein großer Ruf als Theologe vorausgeeilt war. Johannes Gropper und Eberhard Billick teilten sich auf dem Konzil 1551/1552 die theologischen Aufgaben, während Adolf von Schaumburg auf privater Ebene die weitere Entwicklung der Kirchenpolitik bestimmte. Auf dem Konzil lud Adolf von Schaumburg den protestantischen Geschichtsschreiber Sleidanus ein zu einem Empfang ein, der später einen Bericht hierüber verfassen sollte, worin er das Verhältnis Groppers zu seinem Dienstherren beschrieb.
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