Ganz geprägt von seinem düsteren und intriganten Charakter, spann Caraffa zahlreiche Intrigen und war in mehrere hinterhältige Machenschaften verwickelt. So war Caraffa es dann auch, der für den üblen Krieg gegen Philipp II. von Spanien verantwortlich war. Angesichts der verschiedenen Machenschaften die er anzettelte, scheint es nicht erstaunlich, das er sein Augenmark bald nach Groppers Ankunft in Rom auf diesen richtete. Schließlich brachte Caraffa sogar Zachario Delfino dazu, Gropper bei der Inquisition anzuzeigen. Gropper, der gerade vor der Willkür, Unrechtschaffenheit und grausamen und tödlichen Rachsucht eines Erzbischofs, der nicht im geringsten fähig war, sein Amt auch nur im Ansatz auszuüben und dessen gewalttätiger Jährzorn soweit ging Johannes Gropper und seinem jüngeren Bruder Kaspar nach dem Leben zu trachten, aus Köln fliehen musste, sah sich jetzt hier in Rom im engen Netz seiner Intrigen gefangen. Gropper jedoch hielt jetzt, der Häresie angeklagt und den Nachstellungen und der Willkür seitens der Inquisition ausgesetzt, sein tadelloses Plädoyer, das vielleicht zu seinen besten Werken gehört. Johannes Gropper ging in allen Anklagepunkten freigesprochen völlig unbeschadet aus dem Prozess hervor. In der Folge dieses Prozesses, fielen der Urheber der Intrige, wie auch alle seine Komplizen beim Papst in Ungnade. Tatsächlich verbannte Paul III. seinen Neffen sogar.
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