Johannes von Vlatten wurde kurz vor 1500 geboren. Er starb am 11. Juni 1562. Johannes von Vlatten entstammte, ebenso wie sein jüngerer Bruder Werner der Jülicher Erbschenckenfamilie von Vlatten, einer Linie der Dynasten von Merode, die seit jeher den Jülicher Grafen und Herzögen verpflichtet war. Seine Eltern waren der Jülicher Erbschenck und Amtmann zu Düren, Konrad von Vlatten, Herr zu Froitzheim, Kuhpesch, Bombey, Eynatten, Soller sowie Obermaubach und Anna von Velbrück. Während seine älteren Brüder das elterliche Erbe und die Familienbesitzungen übernahmen, wurden die Brüder Johann und Werner von Vlatten zum Klerikerstand bestimmt. Ihre Bruder standen allesamt in Diensten der Herzöge von Jülich. Konrad von Vlatten war herzöglich Jülicher Amtmann zu Düren, Reinhard von Vlatten, der das Erbschenckenamt übernommen hatte, war Jülicher Rat und Landdrost. Über den Bruder Heinrich von Vlatten ist leider nichts weiteres bekannt. Darüber hinaus hatte Johannes von Vlatten noch fünf Schwestern, von denen vier Nonnen wurden. Elisabeth von Vlatten wurde 1549 Äbtissin zu Hoven bei Zülpich. Gertrud war Priorin zu Wenau.
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