Tommaso war der wichtigste theologische Berater Kardinal Contarinis. Als solcher nahm Badia auch an den Religionsgesprächen 1540 in Worms und 1541 in Regensburg, neben den anderen Begleitern Contarinis, seinem Sekretär Lodovico Beccadelli, seinem Vikar in Belluno, Girolamo Negri und seinen Freunden Adamo Fumano, Trifone Benci, Vincenzo Parpaglia, wie Filippo Gheri, teil. Regelmäßig konferierte Badia hier mit Gropper. Am 28. April 1541 kamen die katholischen Teilnehmer auf ihrer Morgenversammlung beim päpstlichen Legaten Contarini überein, dass Ecks Standpunkte für einen Vergleich unmöglich geeignet waren und als Agreement bezüglich der Rechtfertigung einen eigenen Entwurf erarbeiten wollte, ein Vorgehen, indem Badia, Contarini und Gropper übereinstimmten. Tommaso Badia und Johannes Gropper trafen sich im Laufe dieser Gespräche zwischen dem 5. und 13. Mau täglich bei Contarini zu einer Lagebesprechung.
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