1527 lehnte er die Postulation zum Erzbischof von Riga ab, wurde jedoch 1530 Nachfolger des in Regensburg verstorbenen Grafen Hermann von Neuenahr, dem großen Kölner Humanisten und Förderer Groppers, als Dompropst zu Köln. Spätestens seit 1532 war Georg auch Dompropst zu Bremen. Während Georg von Braunschweig sich in Straßburg mit den Reformatoren Hedio und Bucer auseinanderzusetzten hatte, geriet er als Dompropst von Köln nun wiederum mitten in die Spannungen zwischen Klerus und Erzbischof. Aus seiner humanistischen Duldsamkeit heraus zunächst schwankend in seinem Standpunkt, ergriff er trotz seiner Sympathie für Hermann von Wied, die Partei Groppers. 1551 hatte sich Georg von Braunschweig Hoffnungen auf das Bischofsamt in Hildesheim gemacht, doch Johannes Gropper setzte sich aus politischen Erwägungen für Friedrich von Holstein ein, womit er die Ambitionen Georgs von Braunschweig zunichte machte. 1554 wurde Georg von Braunschweig Administrator der Diözese Minden und wurde schließlich 1558 Erzbischof von Bremen und Bischof von Verden.
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