1533 erhielt Nausea die Doktorwürde der theologischen Fakultät der Universität Sienna. Endlich bekam Nausea eine Stellung als Hofkaplan und Prediger am Hofe des österreichischen Erzherzogs Ferdinand. Vier Jahre später wurde er zum Koadjutor Johannes Fabris, des Bischofs von Wien, ernannt. Während der Religionsgespräche von Hagenau und Worms, in den Jahren 1540 und 1541, trat die irenische Haltung Nauseas gegenüber den Anhängern der Reformation deutlich zu Tage. Andererseits jedoch, schien er nicht sonderlich an einer tiefergehenden Erörterung der Augsburger Konfession interessiert zu sein. Immerhin befürwortete Nausea es zusammen mit einigen anderen Theologen, den Protestanten in der Frage des Laienkelches und der Aufhebung des Zwangszölibates entgegenzukommen. Außerdem wollte Nausea ihnen den Gebrauch der Muttersprache zugestehen. Nausea war wohl davon überzeugt, dass alleinig ein Konzil letzten Endes in der Lage sei, den Problemen innerhalb der Kirche ein Ende zu bereiten. Er sah deutlich die Notwendigkeit einer Reform der römischen Kurie. Gleichzeitig zielte Nausea auf eine Erneuerung des Priestertums ab. Angesichts der Schwierigkeiten, ja sogar Feindseligkeiten, denen er sich seitens des Domkapitels bei der Durchführung einer Reform in seiner eigenen Diözese gegenüber gestellt sah und hinsichtlich der heftigen Auseinandersetzungen in unendlichen Kompetenzstreitigkeiten im Inneren einer völlig bewegungslos gewordenen Hierarchie, sah Nausea gleichfalls die Notwendigkeit, das Episkopat von Grund auf zu reformieren. Alles in Allem gelang es Nausea nicht zu verhindern, dass der Protestantismus sich, allen seinen unermüdlichen Anstrengungen zum Trotz, in seiner Diözese verbreiten sollte. 1544 schlug er die Abhaltung eines Konzils in Köln oder Regensburg vor. 1551 wurde Nausea beurlaubt, um sich zum Konzil nach Trient begeben zu können. Von September 1551 bis Januar 1552 nahm er an den Debatten über die Eucharistie, die Buße und die Krankensalbung teil
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