Anders als es Alessandro erwartete hatte, widersetzte sich jedoch der päpstliche Kommandant in Parma, der mittlerweile von der eingetretenen Sedisvakanz erfahren hatte, seinem Befehl, mit dem Hinweis, dass das Kommando über die Stadt Parma aus den Händen eines Papstes erhalten habe, so dass er diese nun auch wiederum alleinig auf den Befehl eines neuen Papstes aufgäbe. Gleich nach seiner Wahl sollte Julius III. diesen Befehl, alleine schon aus Dank für die während des Konklave geleistete Wahlhilfe, gegeben haben. Darüber hinaus bewilligte der neue Papst dem Herzog von Parma eine jährliche Rente in Höhe von 2.000 Ecus für sein Amt als Bannerherr. Karl V. sollte Ottavio zudem nur wenige Monate später die Stadt Piacenza zurück gegeben haben. Der Frieden zwischen den Farnese und dem Papsttum war jedoch nicht von langer Dauer, denn bereits 1551 sandte Julius III. Alessandro wieder an den Hof seines Bruders Ottavio, damit er diesen überrede, das Herzogtum dem Papst zurück zu geben. Alessandro entschloss sich in dieser Situation, dem Befehl des Papstes nicht zu gehorchen und zog sich für ein Jahr vom päpstlichen Hof zurück. Während dieser Zeit suchte er Zuflucht in Florenz bei Cosmos de’Medici. Nunmehr ließ der des offenen Ungehorsams ihm gegenüber rasende Papst, die Bistümer und Güter Alessandros einziehen. Außerdem ließ er das kostbare Mobiliar des Palazzo Farnese für 30.000 Ecus verkaufen. Schließlich eröffnete Julius III. am 8. Juni 1551 den Krieg gegen seine Widersacher. Leider verliefen die militärischen Operationen schlecht, so dass bald Friede mit dem verlorenen Sohn geschlossen wurde, dem alle Güter und besitzungen zurückerstattet wurden. Im Juni 1552 kehrte Alessandro dann nach Rom zurück.
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