Auch die erfolgreiche Wahl Hugo Boncompagnis zum Papst am 14. Mai 1572 wurde diplomatisch von Granvella vorbereitet. Nachdem Antonio Pérez bei Philipp II. in Ungnade gefallen war, berief der König Granvella nach Madrid und ernannte ihn zum Präsidenten des Staatsrates. Vor Philipps Abreise nach Portugal im Jahre 1581, übertrug er Granvella die volle Regierungsgewalt für sein Reich, so dass Granvella während des Königs Abwesenheit als leitender Staatsminister, die Regentschaft ausübte. Noch im selben Jahr verzichtete Granvella auf das Erzbistum Mechelen. 1584 wurde Antoine Perrenot von Granvella zum Erzbischof von Besançon gewählt. Granvella starb jedoch bevor er noch von seiner Erzdiözese Besitz hätte ergreifen können.
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